2014年6月， 召開建設啟動儀式，會上簽訂了《合肥市人民政府與中科院合肥物質科學研究院合作共建“合肥創新院”戰略合作協議書》。

2014年7月， 合肥創新院完成企業法人登記、注冊工作。

2014年11月，合肥創新院完成地方事業法人注冊、登記工作。

2015年12月，合肥創新院被認定為安徽省新型研發機構。

2016年7月，合肥創新院被列為“安徽省系統推進全面創新改革試驗”全省11個試點單位之一。  

2017年5月，位于習友路2666號的合肥創新院研發樓正式啟用。

2017年12月，中科科技創業服務中心被認定為國家級科技企業孵化器。

2018年10月，入選國家發改委發布的《全面創新改革試驗百佳案例》。

2019年9月，長江中游城市群新型研發機構（產研院）戰略聯盟成立大會在合肥創新院舉辦。

2020年8月，合肥創新院獲批安徽省第十一批省級博士后科研工作站。

2020年12月，合肥創新院研究成果獲“2020中國企業改革發展優秀成果”一等獎。

2021年8月，合肥創新院與德國萊茵TÜV大中華區、安徽省產品質量監督檢驗研究院及山東省產品質量檢驗研究院合作成立“提升新能源汽車高壓零部件能效與安全性”項目測試實驗室。

2022年6月，合肥創新院旗下科學島創客空間成功晉升為國家級眾創空間。

2022年8月，合肥創新院孵化培育企業中科中渙、中科美絡、中科海奧入選國家級專精特新“小巨人”企業。

2023年7月，合肥創新院園區黨委正式成立。

2023年10月，合肥創新院二期項目正式投入使用。